代公文書相當多，包含了「詔書」、「題本」、「奏本」、「奏摺」、「接帖」、「諭旨」等等，這些公文書都與皇帝有直接與間接關係，例如官員要像皇帝報告公事則以「題本」為主，例如錢糧兵馬、命盗刑名等一律使用「题本」，蓋上官印，其餘則以奏本為主，故有「公題私奏」之稱呼。接帖則是總督巡撫在呈上題、奏本時給通政司備查的文書。在這些文書外，另外有官員之間往來的公文與民眾給官府的公文，《淡新檔案》限於機關層級，以官員之間或民眾給官府的文書為主。
 《淡新檔案》中的公文書由六個部分為組成，分別是「—————」，六個部分組合而成。另外，現代公文書多採橫式書寫，由左至右，而淡新檔案中的公文則是採直式書寫，由上而下。雖然和今日公文有很大的不同，但仍依稀可以今日公文中的組成中發現類似的格式。我們可以清代公文書中的「前銜」當作是公文中的「發文機關」，「事由」則演變為今日的「主旨」，「正文」則是「說明」，「後書」則是官員署名。今日公文書中的「文別」、「速別」、「密等及解密條件或保密期限」、「附件」、「正本」或「副本」、「收文日期字號」、「分類號」與「本存年限」等項目則不見於清代的公文。在「承辦人」項目上，清代縣官會依據其性質交由各房胥吏來處理。以下將利用光緒18年11325案來進一步解釋公文組成項目：

　　《新檔案》的公文書封套內容
　　一份公文往來，為了防止被偷看或預防破損，通常會由官府制式信封來放置公文。今日政府的公文書明文規定放置公文的公文封套分為大、中、小型封套，須採94磅以上的模造紙或再生紙，中小型信封則應採75磅以上同樣紙質來製作。針對口洞位置、大小、書寫位置與郵票黏貼位置都有規範。清代的公文同樣面臨前述的問題而發展出相對應的保護方式，例如以或在公文封套外加上「火漆」防止被任意開啟。則是後來檔案分類中「案由」的由來。
　　公文書既然是人民向官府或官方之間的溝通往來文書，在繁忙的行政事務中，要讓縣官大老爺或官員之間一眼就大概瞭解想要報告或討論的事情便很重要，這就是「案由」的由來。我們現在看到的淡新檔案，每案都會有一個案由。戴炎輝教授整理《淡新檔案》時，將檔案案卷封面稱為。這個案卷封面上寫著關於本案的若干資訊，沒有這些資訊，負責收發公文的承辦人將無法歸建檔案，縣官也難以知道這份公文由誰所寫，之後由誰負責。

　　「文」是清朝的法定上行文書，司道以下行文督撫、府廳以下行文司道、知縣以下行文府廳與州縣等等情況均可以使用申文。申字本身即是代表下級向上級行文的動詞，故可泛指任意的上行文，在各式上行文的套語中也經常被採用。申文後來又分為為不需上級批示的「驗文」（後文詳述）與需要上級批示的「詳文」（後文詳述），但申文仍被繼續且普遍沿用，並具有不需上級批示與需要上級批示兩種性質。
　　申文通常用於向上級報告、回覆、請求或解送物件、人犯等情況，而在事由中以「申報」、「申覆」、「申請」、「申解」等詞彙揭示行文目的。以11410案為例來看，右圖中的11401_004件是新竹縣典史蕭啟元呈送給新竹知縣張廷檊的申文。

　　「文」屬於申文的一種，但不需上級批示的「驗文」此件是大甲巡檢呈送給新竹知縣方祖蔭的驗文，從右邊摺面上所寫的「驗文」二字可以確認文種為驗文。驗文的文書形式和申文沒有什麼差異。

　　「 文」是官方規定下級衙門向上級衙門請示政務最正規、最常用的文種。詳可以分為兩部分，【詳文－詳冊】或【長詳－由詳】，在淡新檔案中可以看到【正詳－副詳】、【詳文－簡文】的形式，不管用什麼名稱，原則上都是由下級官僚發出一套詳文，前半詳敘事由，後半簡敘大綱。 件是新竹縣典史屠寶泰呈送給新竹知縣方祖蔭的詳文。與此件詳文相應的 ，因為已經發還給新竹縣典史，因此無法得見於《淡新檔案》。

　　「字原本就是卑幼向長上陳述事情時所用的敬語動詞，下對上的書信也常稱為「稟」。雖然稟文並非清朝法定的上行文種，原本具有私信的性質，但在官府之間的文書往來中，內容涉及政事的稟文也逐漸演變成為正式公文，而被歸入衙門的案卷存檔。稟文不像申文、驗文、詳文那樣有著嚴格的行文關係與呈轉程序的限制，可以越級上達，而且書寫內容也不必遵循刻板繁複的公文用語規範，敘事能夠簡明順暢、容易明瞭，因為其方便性而被廣泛地使用。此處說明以    件為範例。
　　由於向上級請示政務而需要批回的情況時，稟文也形成了「白稟」—這樣成組的形式。白稟使用的是一般的白色摺式紙，紅稟則是使用特別的紅色摺式紙（下圖十二），白稟寫的是完整的內容，而紅稟只寫著發文者的官銜姓名以及簡要的事由。下級衙門將構成一組的白稟與紅稟呈送給上級衙門，經過批示並加上半印編號之後，白稟留存在上級衙門，紅稟則發還給下級衙門。如果還有不便公開的事情要陳述，另外寫於單張紙片上，夾在稟文中一併呈送，則特別稱為「夾單稟」。《淡新檔案》中還可以見到「正稟」—「副稟」的組合形式，其書寫格式和前述的「正申」—「副申」、「正詳」—「副詳」相同，也是正規的公文形態，只是將文種名稱和行文動詞改用「稟」字而已。

　　「」一般可區分為兩類，一類為百姓向官府申訴、請求，稱為「稟狀」、「訴狀」、「呈狀」或「告狀」。21204案中是民人蔡安請求新竹縣知縣方祖蔭傳訊蔡傳二、曾秀真到案，以便追回養女蔡屘涼的「呈狀」。
　　在這些上行文外，另外還有「啟文」，用於祝賀、祝壽的四六駢體應酬文字。但在淡新檔案中較少出現。

　　「文」是清朝的法定平行文書，用於地方層級中互不隸屬的較低階衙門之間。府廳州縣與同級衙門、上級衙門的首領官、儒學教官、武官系統互相行文即常用移文。「移」字也被當作平行發文的動詞使用，廣泛地出現在各式平行文的套語中。移文使用摺式紙，文書形式與上述的「申文」、「驗文」與「詳文」大致類似，而摺面寫著「申文」二字標示文種，結束語為「須至移者」，最後以「右移某官某姓」指明受文者；在摺面文種處與最後的成文年月處也蓋有發文者的印信，但是日期的下方則不具後銜，而常寫一「移」字。例如右圖14224_001「竹塹鹽館委員史為聚眾走私被拒受傷請驗飛移簽拘按辦事」中的移文實例。此件是新竹鹽務委員史傳禮發給新竹知縣方祖蔭的移文，右邊的摺面寫明文種為「移文」，並蓋有發文者史傳禮的「新竹鹽務委員鈐記」。

　　 無直接隸屬關係的中級、低級各衙門之間相互行文時使用。13901_001件是由臺灣知府仝卜年發給淡水同知曹仕桂的關文。

　　遇重要、難辦公務，官員間彼此先用書信商洽而後正式行文，這類書信，上司給下屬的稱「札」，下屬給上司的稱「稟」，可少用公文套語，後來轉變為正式公文，仍因簡便而常使用。11506_002此件是福建巡撫岑毓英發給新竹縣衙門的札文。

　　「 文」」是官府的主管官員對所屬吏役或民人有所告諭、勸誡、要求、通知時所使用的一種下行文種。前述「諭」的發文對象是被書寫出姓名的特定個人或少數某些人，而「示」的發文對象則是特定群體（不會詳列該群體的成員姓名）或所有管轄範圍內的民人，並且必須張貼在指定處所公告周知，所以又稱為「告示」，而若是特別指定張貼或刻寫在木牌上懸掛的則稱為「牌示」。示使用的是大幅單張、直向長方的狀式紙， 文種名稱「告示」二字通常寫在左上角或上方橫排；結束語用「特示」，且在該處通常標硃一「遵」字；有的會在正文與成文日期之間空白處的下方齊底寫著「右諭通知」字樣，或是在文件左下角書寫張貼地點；示的正本除了用手寫之外，也有刊印的；其餘書寫用語與標硃形式和「札」大致相同，只是將文種名稱、行文動詞改用「示」字而已。12517_002件是由台北知府雷其達發給新竹知縣讓其在縣境內張貼公布的告示。

　　的外觀與牌大致相同，所用狀式紙上亦有版框，只是版框內印的是「憲票」或「信票」，且不必編號和蓋勘合半印。淡新檔案內票的形式更簡便，版框為矩形，只印「票」字，有時甚至連版框也無。平日派遣差吏執行公務的憑證才用票，如差票、火票、兵票。但兩者都為憑證性文件，因此都有限期繳回的規定。13105_002件是新竹知縣李郁階發給屬下差役陳隆與林淵票文定稿。

　　「 」也是《淡新檔案》中常見的用來派遣差役執行公務的下行文種， 但是比「票」的形式更為簡易，內容更為簡潔。單所使用的是摺式紙，而非票那樣有著版框的狀式紙；在發文者的前銜之後，不書寫事由，也不再敘述相關事件經過的概要，而直接以「單仰……」提出要求下級辦事的行文目的；結束語為「須至單者」或「須單」，但也可以省略；除了將文種名稱、行文動詞改用「單」字以外，其餘用語與標硃形式和票大致相同。較為特殊的是，用於解送物件或人犯的單，會由接收衙門寫上「回照」二字並蓋印，讓負責解送的差役帶回，作為遞交成功的憑據而被存卷備查，不像其他性質的單應被銷毀，因此《淡新檔案》中所能找到的單的正本多屬此類。12101_006件是新竹知縣劉元陞發給屬下差役徐祥、林淵、蔡元三人的單文定稿。

　　「」是私人書信的習稱之一，清代官員之間經常使用函來私下商量討論公事的處理，後來這種關係到政務執行的函逐漸被視為正式公文而歸入衙門案卷之中。函的行文範圍很廣，不論是對上級、平級、下級都可以使用，而且書寫自由，就像一般的書信一樣，沒有統一的規則，和正式公文的用語大不相同，常見問候、恭維、祝福之類的客套話，對人的稱謂不用正式官銜、姓名而用別稱、字號，亦多不用印。函的用紙沒有限制，顏色可以是白色、紅色或他色，有的會印上豎線，有的還印著圖案。11608_004件是淡水縣知縣汪興禕請求新竹縣知縣方祖蔭的函文。發文者會在在察閱隨附的文稿後，蓋用正式的印信，以憑聯名向上級官員稟報，並請上級官員裁定的信函。

　　了前述具有申訴性質、使用於訴訟程序的「狀」以外，還有另外一種作為憑證性質的「狀」，此種狀是因其多採用高過於寬的長方形單幅狀式紙書寫而得名。憑證性質的狀又因為功能的不同而有各式各樣的名目，如作為證明、負責、承諾之用的「結狀」，作為擔保之用的「保狀」，作為收據之用的「領狀」等等。13401_002件是梁振金向官府表示已經遺失當初陳明、范錦光據向其父梁長借銀之憑據的鬮書，並願意為所言負責的切結狀。這種具有保證性質的「狀」，也有人將之歸類之為「結」。

　　代衙門的案卷中有各式各樣以「單」為名的文件，如開列物件、數目、事項的「清單」，開列人名的「名單」，司法審判案件中紀錄相關人等供詞的「供單」等等。從《淡新檔案》中可以看到，主管官員會在審閱過後的名單與供單上面以硃筆點畫、坐日與批示；尤其是司法審判案件中，主管官員會把判決、辦理方式以硃筆寫在開列關係人姓名的名單或供單上面，通常以「此諭」二字結尾，稱之為「堂諭」。

　　「格」又稱「驗屍格」、「驗屍圖」，是按照刑部規定樣式印製的冊子，內容有人體正面和背面重要部位示意圖，以及案件相關資訊、人體重要部位、致死原因等欄位，發生人命案件時，仵作將驗屍結果填注在屍格中，嚴格來說不是獨立的公文書。「刑部題定驗屍圖」係清朝官定的驗屍報告格式，是一種已經預為印好的固定格式。按照《大清會典事例．刑部．刑律斷獄．檢驗屍傷不以實》歷年條例的記載，乾隆35年（1770年），刑部按照「歷來辦過檢驗成案，與『洗冤錄』所論……詳加考覈」並「繪就圖格一本」奏請批准後頒發各省實行，故稱「刑部題定驗屍圖」。14410_054是新竹縣知縣方祖蔭派遣差役前往管收的林逢春因染病去世的案件，在知縣的要求下由仵作林生勘驗的驗屍報告。