《淡新檔案》原件目前存於臺大圖書館特藏組恆溫恆濕的庫房中，目前可供查詢的淡新檔案共1,143案，19,281件（依據戴炎輝教授的整理清單，淡新檔案總共有1,163案19,321件，但是1986年移交臺大圖書館特藏組時，其檔案數量與實際清點有所落差，可能是由於過去在整理時發現以往的分類有誤，以致在案件數上產生變動，亦有可能是年代久遠，有些案件已經遺失）。
淡新檔案的蟲蛀情形
在整個淡新檔案數量上，年代愈久遠者，通常件數愈少。即使是「淡新檔案」距今最晚的案例也超過百年，從清代、日治時期到戰後初期，在欠缺檔案保存技術下使檔案多半有遭蟲蛀、水漬的侵害而狀況不佳情形，檔案在修復人員細心處理下才不至於損壞。
